El santuari 2 (SN2) és el que presenta un aspecte més arrasat dels dos santuaris de s’Illot, però segurament és el que es conserva a nivell espacial més íntegre. La seva excavació es va iniciar l’any 2016. Per ara només s’han enregistrat els nivells d’enderroc i reocupació posteriors al període postalaiòtic. El material recuperat consta de  nombroses peces ceràmiques que documenten la freqüentació de l’espai durant, al manco, els períodes bizantí i islàmic. També es documentà un important conjunt faunístic format per les restes òssies dels animals que serviren d’aliment en aquestes fases, destacant molt especialment la presència de daines durant el període bizantí. Una dada que no havia pogut ser confirmada des dels anys 70 a s’Illot. Per altra banda, també es varen recuperar dues puntes de llança/fletxa, les quals constitueixen unes de les peces metàl·liques més importants procedents del jaciment de s’Illot.